一、定位不同

1、钢之炼金术师：是根据日本漫画家荒川弘创作的漫画作品改编的同名电视动画。

2、钢之炼金术师FA：是根据日本漫画家荒川弘创作的漫画作品改编的二度动画化作品，采用原作漫画剧情，一般简称“钢之炼金术师FA”。

二、剧集不同

1、钢之炼金术师：电视动画由BONES制作，于2003年7月发布制作动画版的消息，2003年10月4日开始在MBS/TBS系电视台播放，至2004年10月2日完结，全51话。

2、钢之炼金术师FA：电视动画由BONES制作，于2009年4月5日起在日本MBS/TBS系电视台播放，至2010年7月4日完结，全64话。

三、特性不同

1、钢之炼金术师：动画企划时，原作漫画进度当时仅出版到单行本第5卷，于是后期部分剧情需要由原作者荒川弘提供漫画分镜稿给动画制作组说明场景 ，动画剧情前半以原作漫画单行本前7卷剧情为基础大幅改编。

2、钢之炼金术师FA：动画标题是在漫画原作标题《钢之炼金术师》的后面添加漫画原作英文标题合成标题《钢之炼金术师 FULLMETAL ALCHEMIST》，但在日本海外发行时，为避免前作动画《钢之炼金术师》的海外英文名称《FULLMETAL ALCHEMIST》产生混淆。